Na univerzitní úrovni se jedná především o tzv. specifický vysokoškolský výzkum, zahrnující Studentskou grantovou činnost (SGS) a Studentské vědecké konference (SVK). U SGS je na naší fakultě typicky řešeno každý rok cca 10-15 projektů, u SVK jsou poté obvykle realizovány 3-4 konference. Detailní informace k SGS a SVK (a rovněž k univerzitnímu motivačnímu systému sloužícímu k ocenění významných počinů ve vědě a výzkumu) najdete zde. Vědecký přesah mají v souladu s propojováním tůrčí a vzdělávací činnosti i některé projekty realizované v rámci Programu na podporu vzdělávacích aktivit (PRVA), který je podrobněji popsán zde.

Na úrovni fakulty je každoročně vypisován program GRAK podporující významné publikační aktivity realizované na FPE. GRAK funguje ve třech kategoriích (akademičtí pracovníci, postdoktorandi a doktorandi) a v součtu je každý rok podpořeno vydání cca 20 publikací. K podpoře spolupráce studentů na výzkumných aktivitách poté slouží program BAMAPE umožňující (na rozdíl od SGS) zapojit i studenty bakalářského studia. Bližší informace k těmto interním programům jsou pro pracovníky FPE (po přihlášení) dostupné zde.